Casado, dos hijos, ex estudiante de la Universidad de Concepción, militante del MIR, conocido entre sus ex compañeros de organización en la Universidad de Concepción como Carlos Zapata o Raúl. Los agentes llegaron al lugar de trabajo preguntando por Carlos Fernández y uno de ellos lo divisó desde lejos y señaló de inmediato que era él, ya que lo ubicaba. Enseguida le pidieron su cédula de identidad y luego se lo llevaron sin que el afectado opusiera resistencia alguna.
Testigos de su detención fueron el representante legal de la empresa, Nicolás Condori Salazar, quien atendió a los agentes y otros operarios de la misma, entre ellos, Antonio Mateluna. Fue llevado al reciento José Domingo Cañas.
Tanto Carlos Fernández Zapata, su primo Héctor González Fernández y el amigo de éste último Roberto Chaer Vásquez, se encuentran desaparecidos desde que fueron detenidos por agentes de la DINA el 10 de septiembre de 1974 el primero y cuatro días antes los dos últimos.